在生物医学研究的许多领域，往往同时判定cAMP和cGMP两种物质的浓度。目前认为cAMP和cGMP是相互拮抗的物质，在正常生理状态下，组织或血浆中的cGMP和cAMP浓度的比值保持相对恒定。两者比例失调是某些疾病发病机制的一项客观指标。故测定cGMP主要用于医药学的基础理论研究如在下列疾病时cGMP浓度变化有一定临床意义。
1.心血管疾病：急性心肌梗死，血浆cGMP明显升高，最高可达20nmol/L以上，陈旧性心肌梗死一般升高不超过15nmol/L。高血压和冠心病血浆cGMP平均值高于正常。
2.甲状腺疾病：甲状腺功能亢进血浆cGMP浓度略高于正常，甲状腺功能低下血浆cGMP降低。
3.肾病：慢性肾炎血浆cGMP升高，尿毒症患者升高尤为显著，而cAMP/cGMP比值降低。
4.免疫功能：cGMP能单独刺激淋巴细胞增殖，参与促进淋巴细胞转化过程。
5.中医医学：阴虚患者血浆cGMP升高。阳虚则显著降低。