1. 肾脏疾病：
(1)肾病综合征：有特异的电泳图形，α球蛋白明显增加，β球蛋白轻度增高，白蛋白降低，γ球蛋白可能下降；(2)肾炎：急性肾炎时α球蛋白可增高，有时合并γ球蛋白轻度增高；慢性肾炎时常可见到γ球蛋白中度增高。
2. 肝脏疾病：
(1)肝硬变：有典型的蛋白电泳图形，γ球蛋白明显增加，出现β和γ球蛋白难分离而相连的“β～γ桥”，同时白蛋白降低；(2)急性肝坏死：白蛋白明显下降，球蛋白显著升高；(3)传染性肝炎患者血清白蛋白轻度下降，α球蛋白增高并伴有γ球蛋白增高；
3. 单克隆免疫球蛋白血症：
多发性骨髓瘤、巨球蛋白血症、重链病等呈现特异的电泳图形，大多在γ球蛋白区(个别在β蛋白区)出现一条致密浓集的蛋白条带，称为M蛋白。淀粉样变、巨球蛋白血症、浆细胞病和淋巴瘤等在血浆中可能出现单克隆免疫球蛋白或其轻链，通过电泳可检测到这些异常分泌产物，在电泳α-γ区带间出现M蛋白峰，有助于疾病的临床诊断。
4. 免疫缺陷病：
免疫缺陷病时，IgG低下较常见，而IgM和IgA低下较少见，血清蛋白电泳可粗略地判定IgG的量，严重的IgG免疫缺陷在血清蛋白电泳的γ区带可发生明显变化，故可采用血清蛋白电泳排除IgG免疫缺陷病。但这种方法不是十分可靠的，定量测定IgG、IgM和IgA有时是十分必要的。
5. 免疫应答:
由于血清中IgG、IgM和IgA的量各不相同，多克隆IgG和IgA的量分别超过20g/L和6g/L时，电泳时才能见γ区带发生明显区带扩散现象，而IgM在血清中的量较少，电泳时不易见明显变化，故电泳只能反映出IgG和IgA参与的显著的免疫应答。
6. 炎症：
炎症时急性时相反应的结果是电泳时α和α球蛋白增加，这种改变是由于急性时相蛋白α-抗胰蛋白酶和结合珠蛋白增加所引起的。但采用电泳法评价炎症时急性时相反应变化，其敏感度低于直接测定C反应蛋白。
7. 补体激活:
区带电泳β区带的C由于补体激活后消耗而减少，但C不稳定,其含量可因标本保存时间延长而减少。所以，定量测定C3或其降解产物更为可靠。
8. 营养不良:
营养不良及肝脏疾病可引起血浆中的某些蛋白质的减少。减少的蛋白质主要是白蛋白、前白蛋白、转铁蛋白和视黄醇结合蛋白。在临床上须注意鉴别的是，以上这些蛋白在炎症的急性时相反应时合成都减少，白蛋白还可因血管的通透性增加而在血液循环过程中丢失。
9. 血管内溶血:
排除炎症和急性时相反应后，血清结合珠蛋白减少是血管内溶血的较可靠指标。然而还须注意，血清结合珠蛋白减少也可能是由于遗传性结合珠蛋白α链合成障碍所引起。同电泳法相比较，定量测定血清结合珠蛋白是一种更可靠和灵敏的判定血管内溶血的方法。
10. 血浆蛋白的遗传性缺陷:
临床上有诊断价值的血浆蛋白遗传性缺陷有α-抗胰蛋白酶缺乏症、γ球蛋白缺乏症、血浆铜蓝蛋白缺乏症和C酯酶抑制物缺乏症等，但实际上能通过血清蛋白电泳区带电泳鉴定的血浆蛋白遗传性缺陷有白蛋白遗传性缺陷、α-抗胰蛋白酶缺乏症、γ-球蛋白缺乏症和结合珠蛋白缺乏症。
11. 尿蛋白电泳：
尿蛋白可以是早期肾损害的指标，尿蛋白电泳可用于鉴别蛋白尿的种类和原因，估计肾损害的程度。

　　1960年Blainly等首先提出了选择性蛋白尿的概念，并将其作为判断肾小球损伤严重程度的指标，通过电泳测定尿中的中分子量蛋白质和高分子量蛋白质的比值来确定。选择性蛋白尿中蛋白质主要为中分子量（4万～8万）的白蛋白、转铁蛋白、β微球蛋白等，而分子量大于9万的蛋白质多不出现，提示病变未及肾小管，见于早期肾小球肾炎。非选择性蛋白尿中大分子蛋白质和中分子蛋白质同时存在，提示肾小球滤过膜受损严重。
临床上常采用醋酸纤维素薄膜（CAM）或琼脂糖凝胶作为支持介质进行尿蛋白电泳，用于区别肾小球和肾小管性蛋白尿。本周氏蛋白可通过电泳在溢出性蛋白尿中被发现，并可通过免疫电泳进一步鉴定出κ或λ轻链。