1.心脏疾病
　　此酶是继转氨酶后至今临床上最重要的酶，特别是在诊断心肌梗死上有较高价值。在心肌梗死病程中，如肌酸激酶活力再次升高，往往说明心肌再次梗死。但此酶活力增高持续时间短，2 ～3 天后就可恢复正常。所以如用此酶诊断心肌梗死，一定要注意病程时间。发病时间较长的病例，应测定能较长维持增高的酶活力的乳酸脱氢酶，此时肌酸激酶活性正常并不能否定心肌梗死诊断。
　　国内资料表明病毒性心肌炎时此酶活性也明显升高，对心肌炎诊断和预后有参考价值。有学者提出连续观察肌酸激酶动态变化，根据一些常数进行公式计算，可推测心肌梗死的大小，从而有助于判断病人预后。此法需频繁抽血，各学者对所用常数也有不同意见，用于临床可能还需要一段时间。
2.肌肉疾病
　　在Duchenne 肌萎缩患者血中，肌酸激酶极度增高，甚至可高出正常值上限50倍，而后随病程延长下降。此病是和性染色体有关的遗传病，在无症状的女性，隐性携带者约75%肌酸激酶也高于正常。其他类型的原发性肌萎缩患者肌酸激酶也有不同程度的升高，这可用于区别继发性肌病如神经性或废用性肌萎缩，此时肌酸激酶活力往往正常。
　　在骨骼肌损伤时，甚至在肌注某些药物如青霉素、氯丙嗪时，以及在进行一些心脏疾病治疗，如心导管、电复律时均可引起肌酸激酶活力升高，也就是虽然肌酸激酶诊断心肌梗死阳性率可高达98%，但特异性只有85%。目前公认测定肌酸激酶同工酶（主要为CK -MB）是特异性更高的酶试验。
3.脑疾病
　　高肌酸激酶活力见于发作性癫痫、破伤风。但看来主要和肌肉损伤有关，而与脑疾患关系不大。肌酸激酶增高也见于器质性神经疾病，如脑梗死、脑膜炎和脑炎。在解释此酶活力增高原因时还应注意到一些非疾病因素如剧烈运动、各种插管及手术乃至肌肉注射冬眠灵、抗生素等也可能引起此酶活性增高。在急性心肌梗死之后血清中CK开始升高时间最早为2小时，达峰值时间最早为24小时，最迟为72小时，根据CK同工酶分离监测记录，胸痛发作后，血清CK-MB上升先于总活力升高。24小时达峰值，36小时内其波动曲线与总活力相平行，至48小时消失。一般认为，此法血清CK-MB ≥总活力的3％，即阳性，最高值可达12％～38％。