1.灵敏度和特异性
　　按电泳的原理有三种形式的电泳分离系统：即移动界面电泳、区带电泳和稳态电泳或称置换电泳。
1.1 自由移动界面电泳 是带电分子的移动速率通过观察界面的移动来测定，该法已成为历史。目前被支持介质的区带电泳所取代。
1.2 区带电泳 固体支持介质可分为两类：一类是滤纸：乙酸纤维素薄膜、硅胶、矾土、纤维素等；另一类是淀粉、琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶。后者的优点为：（1）由于具有微细的多孔网状结构，故在电泳时除了能产生电荷效应外，还有分子筛效应，小分子物质比大分子物质跑的快而使分辨率提高。（2）几乎不吸附蛋白质，电泳无拖尾现象。（3）蛋白质在低浓度琼脂糖电泳时可以自由穿透，阻力小，分离清晰，透明度高，能透过200～700nm波长的光线，故电泳结束后无须“透明”，可减少操作步骤及由此引起的实验误差，又因底板无光泽，也提高了对着色区的检测敏感性。为此，第一类支持介质现已被第二类支持介质替代。
1.3 稳态电泳 其特点是分子颗粒的电泳迁移在一定时间后达到稳态，如等电聚焦和等速电泳等。
　　此外，毛细管电泳也是一种新型的区带电泳方法，又称毛细管区带电泳。分离项目包括蛋白质、多肽、氨基酸、糖、酶、DNA、寡核苷酸、病毒、小的生物活性分子、离子、药物及其代谢产物等。由于它具有无法比拟的高效和快速性，因而受到极大的重视。
2.干扰因素
颗粒性质、电场强度、溶液性质、PH、离子强度、溶液粘度、电渗焦耳热和筛孔（支持物）等。