结肠癌绝大多数起源于肠道内指状突起生长的良性息肉，而这些良性息肉在50岁以上的人群中较为常见。它们进一步恶变，肿瘤细胞侵入正常结肠组织，并可转移扩散到身体的其它部位。肿瘤的发生可以堵塞肠道，阻碍正常的排泄。
　　结肠癌的真正病因尚不清楚，但是患病风险与遗传、饮食和生活方式等因素相关。有结肠癌或结肠息肉家族史的人患病危险较高。同时，患有溃疡性结肠炎（炎性肠病）和免疫缺陷疾病者也同样高发。有一种罕见的遗传性疾病被称为家族性息肉腺瘤，该病患者早期就会出现结肠良性息肉，除非结肠被切除，否则绝大多数会恶变为结肠癌。年龄的增长和身体其它部位癌症的发生也会增加结肠癌发病的风险。高脂肪和高蛋白饮食，特别是摄入水果、蔬菜和纤维较少，也是一个危险因素。生活方式的危险因素包括吸烟、肥胖以及久坐等。