显微镜检查的临床意义：
　　正常粪便无或偶见白细胞。病理情况下，白细胞数量与炎症轻重及部位有关。肠炎时，白细胞增多不明显，一般小于15个／HP，分散存在；细菌性痢疾、溃疡性结肠炎时，可见大量白细胞或成堆出现的脓细胞，以及吞噬异物的小吞噬细胞；肠易激综合征、肠道寄生虫病(尤其是钩虫病及阿米巴痢疾)时，粪便经涂片、染色，可见较多的嗜酸性粒细胞，可伴有夏科一莱登结晶。
　　正常粪便无红细胞。上消化道出血时，由于胃液的消化作用，红细胞已被破坏，粪便中也难见到，下消化道炎症或出血时可出现数量不等的红细胞，如痢疾、溃疡性结肠炎、结肠癌、直肠息肉、痔疮、急性血吸虫病等。消化道疾病时由于炎症损伤出血，白细胞、红细胞同时存在，细菌性痢疾时红细胞，多分散存在且形态正常，数量少于白细胞；阿米巴痢疾者红细胞，多粘连成堆并有残碎现象。
　　正常粪便无大吞噬细胞。粪便中出现巨噬细胞-见于急性细菌性痢疾、急性出血性肠炎，偶见于溃疡性肠炎。
　　正常粪便很少见到柱状上皮细胞。柱状上皮细胞增多，见于结肠炎症、假膜性肠炎。
　　正常情况下，食物经充分消化粪便中极少见食物残渣，当消化道发生病变时，消化功能减退，出现肌纤维、植物细胞及植物纤维等食物残渣增多。常见于各种原因引起的脂肪泻、腹泻、慢性胰腺炎、肠蠕动亢进等。
　　粪便内可见多种少量结晶，如磷酸盐、草酸钙、碳酸钙结晶，一般无临床意义。但如出现夏科—莱登结晶、血红素结晶．则是消化道出血依据。主要见于胃肠道出血、阿米巴痢疾、钩虫病及过敏性肠炎．还可见嗜酸性粒细胞。
　　真菌：在排除标本污染前提下，常见于长期使用广谱抗生素、激素、免疫抑制剂和放、化疗之后及各种慢性消耗性疾病的患者粪便。