除了见到寄生虫卵、原虫等可明确诊断，其他检查内容阳性主要为临床提供辅助诊断。如镜检阴性，也不能排除肠道寄生虫或原虫感染。为提高虫卵阳性检出率，可进一步作集卵法(漂浮法、沉淀法)检查或寄生虫有关的免疫检查；疑有消化道肿瘤，则可作粪隐血试验；疑致病菌感染的，可做微生物学检查；如要明确脂肪痢，可对粪便标本做染色检查；为了更有效地观察阿米巴原虫，现最常用“三色”染色(trichrome stain)进行识别；可用亚甲蓝染色，对粪便中细胞进行分类。