阳性结果表明处于感染活动期，需要抗生素治疗。目前首选的试验是分子诊断，亦称核酸扩增试验（NAAT）。该检测基于扩增淋病奈瑟菌DNA。淋病奈瑟菌分子诊断目前为标准方法且已广泛应用。分子诊断的优点在于较之传统的培养更灵敏更特异，同时可以确定更多的阳性样本。分子诊断试验需要验证适用于不同来源的样本。淋病奈瑟氏菌检测和沙眼衣原体检测通常同时进行，因为二者具有相似的临床表现。