1．抗Sm抗体
　　抗Sm抗体仅发现于SLE患者中，是SLE的血清标志抗体，已列入SLE的诊断标准。约30%-40%的SLE患者抗Sm抗体阳性，此抗体阴性不能排除SLE的诊断。相对抗dsDNA抗体而言，抗Sm抗体水平不与SLE疾病的活动性相关，亦不与SLE的任何临床表现相关，治疗后的SLE患者也可存在抗Sm抗体阳性。抗Sm抗体的检测对早期、不典型的SLE或治疗后的回顾性诊断具有很大帮助。
2. 抗核RNP抗体
　　抗核PNP（nucler RNP，n RNP）抗体是诊断MCTD的重要血清学依据，列入MCTD的诊断标准。因其抗原为含有U1RNA的核蛋白复合物，故而称为U1RNP。其在MCTD患者的阳性检出率可高达95%。无论在疾病的活动期或是缓解期，高滴度的抗RNP抗体均可持续存在。抗n RNP抗体无疾病特异性，在其他自身免疫性疾病中阳性检出率如下：SLE 30%-40% ，SS 20%，进行性系统性硬化（PSS）10%-50%，皮肌炎（PM）/多发性肌炎（DM）10%，偶尔也可见于RA和药物诱发的狼疮，不过滴度均较MCTD患者低。
　　由于Sm和RNP是同一分子复合物（RNA-蛋白质颗粒）中的不同抗原位点，两种抗原具有相关性，故抗Sm抗体阳性常伴有抗RNP抗体阳性，单一的抗Sm抗体或抗RNP抗体阳性较少见。
3.抗SSA/Ro抗体和抗SSB/La抗体
　　抗SSA/Ro抗体和抗SSB/La抗体是SS患者最常见的自身抗体。其阳性检出率分别是70%-80%和40%，而抗SSB/La抗体的特异性高于抗SSA/Ro抗体，可达50%-60%。该两个抗体的同时检测可提高对SS的诊断率。
　　部分SLE患者也有抗SSA/Ro抗体的抗SSB/La抗体的检出，其阳性率分别为35%和15%左右。约60%的亚急性红斑狼疮（SCLE）患者，补休缺陷的SLE患者和新生儿狼疮患者可出现抗SSA/Ro抗体阳性。抗SSA抗体可通过胎盘进入胎儿，引起新生儿狼疮综合征，出现典型的SLE皮损和不完全性心脏传导阻滞。另外，单独出现抗SSA/Ro抗体阳性的SLE患者，其肾炎或血管炎的发生率较单独出现抗SSB/La抗体阳性的SLE患者高。因抗SSA/Ro抗体与SSA/Ro抗原形成的免疫复合物，更易沉积于肾脏和血管壁，造成肾脏损伤及血管炎。
4.抗Jo-1抗体
　　该抗体最常见于多发性肌炎（polymyositis，PM），故又称为PM-1抗体。具有抗Jo-1抗体特性的是分子量110kd和（或）80kd的多肽（核仁蛋白）。抗Jo-1抗体在PM的阳性检出率可达40%-50%,在PM/DM患者的阳性检出率为25%，单独皮肌炎中的检出率不足10%，在其它自身免疫性疾病中抗Jo-1抗体检出率为25%，因而抗Jo-1抗体对诊断PM具有特异性。
　　PM与硬皮病重叠的患者，抗Jo-1抗体的阳性率可高达85%，PSS/PM中为25%，PM伴肺间质纤维化者抗Jo-1抗体阳性率可达60%。
5.抗Scl-70抗体
　　抗Scl-70抗体几乎仅存在进行性系统性硬皮病（progressive systemic sclerosis，PSS）患者中检出，抗体相对应的抗原分子量为70kd。故该抗体是PSS的特征抗体。在系统性硬化症的阳性检出率为20%-40%，在PSS的阳性检出率为40%-60%。在其他自身免疫性疾病患者中极少有阳性检出，正常人均为阴性。