用于慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本病）的诊断和治疗评价。
(1)桥本病 TGAb和TMAb是桥本病的标志性抗体，敏感性高，但特异性较低。近年证明TPO是T淋巴细胞和B淋巴细胞抗原决定基的成份，与TG共同为桥本病自身抗体的识别抗原。抗体通过活化补体或抗体依赖性细胞毒细胞的作用造成甲状腺细胞障碍。抗体水平与桥本病活动性正相关，甲状腺功能减退进展受抗体影响，但抗体效价与甲状腺功能水平并不呈平行相关。
(2)弥漫性甲状腺功能亢进症（Graves病） 也有很高的阳性率。甲状腺功能正常的Graves 病、原发性甲状腺功能减退症也有较高的甲状腺自身抗体检出率。提示与桥本病有共同的免疫紊乱基础。
(3)非甲状腺自身免疫性疾病 如SLS或其它抗核抗体阳性的组缔组织病、类风湿性关节炎、I型糖尿病、重症肌无力、肾上腺皮质功能减退症、恶性贫血、免疫性肝病等。
TGAb升高还见于甲状腺分化癌，TM（TPO）Ab阳性还见于无痛性甲状腺炎。
(4)正常人特别是女性有不到10%的阳性率，与潜在的自身免疫性甲状腺疾病有关；但敏感法也有假阳性的可能性。
　　* 干扰素治疗易引起甲状腺功能障碍，特别是甲状腺自身抗体阳性者，C型肝炎干扰素治疗前应检测TGAb、TMAb等甲状腺自身抗体。