抗dsDNA抗体与细胞核的反应位点是位于DNA（外围区）脱氧核糖磷酸框架上。检测抗dsDNA抗体最特异和最敏感的方法是用马锥虫或绿蝇短膜虫作为抗原基质进行间接免疫荧光检测，这是国内外临床常规检测抗dsDNA抗体最常用的方法。因为这些血鞭毛寄生虫的虫体呈圆形或椭圆形，其动基体由纯净的环状dsDNA构成。除此以外通常不含有其他细胞核抗原。能与动基体起反应的自身动基体只有抗dsDNA抗体。因而具有高度特异性。用间接免疫荧光检测可见抗dsDNA抗体与动基体结合后发出致密荧光亮点，动基体可单独发荧光，也可与核同时发出荧光。尽管在用HEp-2细胞作抗原基质片时，抗dsDNA抗体可显示均匀荧光，但需要高滴度抗体，而低滴度时，在HEp-2细胞片上不易检出。而在绿蝇短膜虫基质片上，以1：10稀释时出现的动基体染色阳性，具有临床诊断价值。