乳糜泻是一种以针对饮食中的植物蛋白成分（如小麦、黑麦、大麦中的麦谷蛋白和麦麸蛋白）而产生异常免疫应答反应为特征的自身免疫性疾病。这些免疫应答导致小肠炎症及肠绒毛损伤。小肠内壁的绒毛褶皱突起能增加肠道内壁的表面积，促进营养物质、维生素、矿物质、液体和电解质等的吸收，一旦肠绒毛受损，肠道吸收能力下降，最终产生营养不良和吸收不良的相应症状。
　　乳糜泻患者常伴有炎症和机体的损伤，通常与自身抗体的产生有关。当患者食用谷物蛋白后，机体识别该蛋白，并产生相应抗体，同时这种抗体还识别并结合小肠绒毛的同源成分。若患者继续服用该谷物蛋白，机体将持续产生上述自身抗体，对机体造成伤害。