HBeAg在HBV感染的早期出现，在血清中和HBsAg同时存在。而在恢复期先于HBsAg消失。如HBeAg和HBsAg持续阳性，则成为慢性HBV感染（慢性乙肝或慢性HBV携带者）。HBeAg的测定还用于HBV母婴传播的检测。HBsAg和HBeAg均为阳性的母亲，所生婴儿90％以上于产后成为慢性 HBV携带者。此类婴儿应于出生后即刻注射高价乙肝免疫球蛋白和乙肝疫苗预防。HBeAg的检测可用于抗病毒药物的疗效考核指标。如抗病毒药物治疗后，HBeAg阴转提示此类药物有抗HBV的疗效。但近年来发现有 HBV前C区基因变异株感染，表现 HBeAg阴性而抗-HBe阳性及HBV-DNA阳性，故HBeAg阴性不能代表HBV复制受到抑制，对此类病人进行药效考核时，须同时检测 HBV-DNA是否阴转，才能正确评估药物疗效。