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基于半导体芯片的新一代革命性测序技术
Ion Torrent平台是基于半导体技术的台式高通量测序仪。该平台使用了一种布满小孔的高密度半导体芯片,一个小孔就是一个测序反应池,孔底部带有感应器。当DNA聚合酶把核苷酸聚合到延伸的DNA链上时,会释放出一个氢离子,反应池中的PH发生改变,位于池下的离子感受器就会感受到信号,把化学信号直接转化为数字信号,从而读出DNA序列。与其它新一代测序仪相比,Ion Torrent平台不需要激发光、CCD成像仪及荧光标记,能直接并快速“读”出DNA序列,具有简单、快速、准确、灵活和低成本等显著优势,是中等规模测序项目的最佳选择。
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DNA测序、RNA测序、宏基因组测序、甲基化测序、外显子捕获测序、ChIP-Seq等,能够为基因调控分析、转录组分析、SNP位点、结构变异分析和疾病分析等提供迅捷、庞大、准确的信息数据。
1、小基因组测序(如:微生物和病毒的从头测序和重测序;线粒体测序等)
2、扩增子重测序(如:16S宏基因组测序)
3、靶向重测序
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DNA,RNA
DNA:基因组完整、无降解,电泳结果基因组DNA主带应在入-Hind III digest最大条带23kb左右,且主带清晰,无弥散;OD值260/280应在1.8~2.0之间:无蛋白质、RNA或肉眼可见杂质污染。 RNA:OD值260/280应在1.8~2.O之间,无肉眼可见污染;使用Agilent Bioanalyzer仪器检测,获得总RNA应28S:18S≥1,RIN≥7.5。 样品浓度:不低于100ng/uL。 DNA样品总量:每次样品制备需要大于3ug的样品。为保证实验质量及延续性,请一次性提供至少6ug的样品。如需多次制备样品,按照制备次数计算样品总量。 RNA样品总量:研究编码蛋白质:动物样品一次制备需10ug的总RNA,植物样品一次制备需15ug的总RNA;研究长链非编码RNA:无论动植物,请一次性提供30ug的高质量总RNA;研究小RNA:请一次性提供至少10ug高质量总RNA。 样品请置于1.5mL管中,做好标记,使用封口膜封好,DNA建议使用干冰或冰袋运输,RNA建议使用干冰运输,请勿反复冻融。
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周佳维
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