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HiSeq 2000技术是基于DNA单分子簇的边合成边测序技术，和专有的可逆终止化学反应原理。测序时将基因组DNA的随机片段附着到光学透明的玻璃表面（即Flow Cell），这些DNA片段经过延伸和桥式扩增后，在Flow Cell上形成了数以亿计Cluster，每个Cluster是具有数千份相同模板DNA的单分子簇。然后利用带荧光基团的四种特殊脱氧核糖核苷酸，通过可逆性终止的SBS（边合成边测序）技术对待测的模板DNA进行测序。这种新方法确保了高精确度和真实的一个碱基接一个碱基的测序，为同聚物和重复序列的测序提供了一个很好的解决方案。
HiSeq 2000是Illumina公司2010年推出的一款新的测序仪，它的测序原理和Genome Analyzer相同，采用稳定的可逆终止法边合成边测序技术。该技术使用4种含有末端阻断基团和不同荧光信号的碱基进行模板互补链的合成， 不仅确保了测序的高精确性和高顺序性，而且排除了由重复序列和同聚物导致的测序错误。
与Genome Analyzer不同，HiSeq 2000融合了最新的光学系统和制造工艺，该光学系统采用2个激光源对Flowcell进行扫描，并使用4台照相机对4种碱基分别进行记录，大幅度减少了 不同碱基之间的信号干扰，提高了测序系统的准确度。同时，HiSeq 2000使用了新颖的双表面成像技术，增加了Flowcell的有效面积，从而提高测序产量和降低成本。
HiSeq 2000测序涉及生物学各领域，包括DNA测序、RNA测序、宏基因组测序、甲基化测序、外显子捕获测序、ChIP-Seq等。因此，HiSeq 2000能够为基因调控分析、转录组分析、SNP位点、结构变异分析和疾病分析等提供迅捷、庞大、准确的信息数据，为您的科学研究提供可信的保障。
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