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从头测序为蛋白质组研究提供了一种不用借助于任何蛋白质序列数据库信息，直接解读串联质谱数据的方法。其基本算法主要由4个部分组成：质谱图的构建、离子类型的确定、测序算法以及打分算法。
质谱法分析蛋白的基本原理是通过电离源将蛋白质分子转化为离子，然后利用质谱分析仪的电场、磁场将具有特定质量与电荷比值（M/Z）的蛋白质离子分离开来，经过离子检测器收集分离的离子，确定离子的M/Z值，分析鉴定未知蛋白。通常结合相应的处理及其他技术，能够比较准确、快速地鉴定蛋白质。
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是蛋白测序的一种新方法，是传统蛋白质N端测序，即Edman降解测序的有利补充。它的优点是样品用量少，仅fmol的样品就能够测序。另一个重要的优点是能够测N端封闭的蛋白质序列（Edman降解不能）
能够比较准确、快速地鉴定蛋白质，是蛋白测序的一种新方法，是传统蛋白质N端测序，即Edman降解测序的有利补充。它的优点是样品用量少，仅fmol的样品就能够测序。另一个重要的优点是能够测N端封闭的蛋白质序列（Edman降解不能）
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2000/样
300/1个蛋白，每鉴定1个蛋白，提供查询结果，不读序列。
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